震州刺史杜龛据吴兴，与义兴太守韦载同举兵反。高祖命周文育率众攻载于义兴，龛遣其从弟北叟将兵拒战，北叟败归义兴。辛未，高祖表自东讨，留高州刺史侯安都、石州刺史杜棱宿卫台省。甲戌，军至义兴。丙子，拔其水栅。秦州刺史徐嗣徽据其城以入齐，又要南豫州刺史任约共举兵应龛、载，齐人资其兵食。嗣徽等以京师空虚，率精兵五千奄至阙下，侯安都领骁勇五百人出战，嗣徽等退据石头。丁丑，载及北叟来降，高祖抚而释之。以嗣徽寇逼，卷甲还都，命周文育进讨杜龛。十一月己卯，齐遣兵五千济渡据姑孰。高祖命合州刺史徐度于冶城寺立栅，南抵淮渚。齐又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史刘仕荣、淮州刺史柳达摩领兵万人，于胡墅渡米粟三万石、马千匹，入于石头。癸未，高祖遣侯安都领水军夜袭胡墅，烧齐船千余艘，周铁虎率舟师断齐运输，擒其北徐州刺史张领州，获运舫米数千石。仍遣韦载于大航筑城，使杜棱据守。齐人又于仓门水南立二栅以拒官军。甲辰，嗣徽等攻冶城栅，高祖领铁骑精甲，出自西明门袭击之，贼众大溃。嗣徽留柳达摩等守城，自率亲属腹心，往南州采石，以迎齐援。十二月癸丑，高祖遣侯安都领舟师，袭嗣徽家口于秦州，俘获数百人。官军连舰塞淮口，断贼水路。先是太白自十一月丙戌不见。乙卯出于东方。丙辰，高祖尽命众军分部甲卒，对冶城立航渡兵，攻其水南二栅。柳达摩等渡淮置阵，高祖督兵疾战，纵火烧栅，烟尘张天。贼溃，争舟相排挤，溺死者以千数。时百姓夹淮观战，呼声震天地。军士乘胜，无不一当百，尽收其船舰，贼军慑气。是日嗣徽、约等领齐兵水步万余人，还据石头，高祖遣兵往江宁。据要险以断贼路。贼水步不敢进，顿江宁浦口，高祖遣侯安都领水军袭破之，嗣徽等乘单舸脱走，尽收其军资器械。己未，官军四面攻城，自辰讫酉，得其东北小城，及夜兵不解。庚申，达摩遣使侯子钦、刘仕荣等诣高祖请和，高祖许之，乃于城门外刑牲盟约，其将士部曲一无所问，恣其南北。辛酉，高祖出石头南门，陈兵数万，送齐人归北者。
壬戌，齐和州长史乌丸远自南州奔还历阳。江宁令陈嗣、黄门侍郎曹朗据姑孰反，高祖命侯安都、徐度等讨平之，斩首数千级，聚为京观。石头、采石、南州悉平，收获马仗船米不可胜计。是月杜龛以城降。二年正月癸未，诛杜龛于吴兴，龛从弟北叟、司马沈孝敦并赐死。
二月庚申，高祖遣侯安都、周铁虎率舸舰备江州，仍顿梁山起栅。甲子，敕司空有军旅之事，可骑马出入城内。戊辰，前宁远石城公外兵参军王位于石头沙际获玉玺四纽，高祖表以送台。
三月戊戌，齐遣水军仪同萧轨、厙狄伏连、尧难宗、东方老、侍中裴英起、东广州刺史独孤辟恶、洛州刺史李希光，并任约、徐嗣徽等，率众十万出栅口，向梁山，帐内荡主黄丛逆击，败之，烧其前军船舰，齐顿军保芜湖。高祖遣定州史沈泰、吴郡太守裴忌就侯安都，共据梁山以御之。
自去冬至是，甘露频降于钟山、梅岗、南涧及京口、江宁县境，或至三数升，大如弈棋子，高祖表以献台。
四月丁巳，高祖诣梁山军巡抚。五月甲申，齐兵发自芜湖，丙申，至秣陵故治。高祖遣周文育屯方山，徐度顿马牧，杜棱顿大航南。己亥，高祖率宗室王侯及朝臣将帅，于大司马门外白虎阙下刑牲告天，以齐人背约，发言慷慨，涕泗交流，同盟皆莫能仰视，士卒观者益奋。辛丑，齐军于秣陵故县跨淮立桥栅，引渡兵马。其夜至方山。侯安都、周文育、徐度等各引还京师。癸卯，齐兵自方山进及皃塘，游骑至台。周文育、侯安都顿白土岗，旗鼓相望，都邑震骇。高祖潜撤精卒三千配沈泰，渡江袭齐行台赵彦深于瓜步，获舟舰百余艘，陈粟万斛。即日天子总羽林禁兵，顿于长乐寺。六月甲辰，齐兵潜至钟山龙尾。丁未，进至莫府山。高祖遣钱明领水军出江乘，要击齐人粮运，尽获其船米，齐军于是大馁，杀马驴而食之。庚戌，齐军逾钟山，高祖众军分顿乐游苑东及覆舟山北，断其冲要。壬子，齐军至玄武湖西北莫府山南，将据北郊坛。众军自覆舟东移，顿郊坛北，与齐人相对。其夜大雨震电，暴风拔木，平地水丈余，齐军尽夜坐立泥中，悬鬲以爨，而台中及潮沟北水退路燥，官军每得番易。甲寅，少霁，高祖命众军秣马蓐食，迟明攻之。乙卯旦，自率帐内麾下出莫府山南，吴明彻、沈泰等众军首尾齐举，纵兵大战，侯安都自白下引兵横出其后，齐师大溃，斩获数千人，相蹂藉而死者不可胜计，生执徐嗣徽及其弟嗣宗，斩之以徇。追奔至于临沂。其江乘、摄山、钟山等诸军相次克捷，虏萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起等将帅凡四十六人。其军士得窜至江者，缚荻筏以济，中江而溺，流尸至京口，翳水弥岸。丁巳，众军出南州，烧贼舟舰。己未，斩刘归义、徐嗣彦、傅野猪于建康市。是日解严。庚申，萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起皆伏诛。高祖表解南徐州以授侯安都。七月丙子，诏授高祖中书监、司徒、扬州刺史，进爵为公，增邑并前五千户，侍中、使持节、都督中外诸军事、将军、尚书令、班剑、鼓吹、甲仗并如故，并给油幢皂轮车。是月侯瑱以江州入附。遣侯安都镇上流，定南中诸郡。
八月癸卯，太府卿何敱、新州刺史华志各上玉玺一。高祖表以送台，诏归之高祖。是日诏高祖食安吉、武康二县，合五千户。九月壬寅，改年曰太平元年。进高祖位丞相、录尚书事、镇卫大将军，改刺史为牧，进封义兴郡公，侍中、司徒、都督、班剑、鼓吹、甲仗、皂轮车并如故。丁未，中散大夫王彭笺称今月五日平旦于御路见龙迹，自大社至象阙，亘三四里。庚申，诏追赠高祖考侍中、光禄大夫，加金章紫绶，封义兴郡公，谥曰恭。十月甲戌，敕丞相自今入问讯，可施别榻以近扆坐。二年正月壬寅，天子朝万国于太极东堂，加高祖班剑十人，并前三十人，余如故。丁未，诏赠高祖兄道谭散骑常侍、使持节、平北将军、南兖州刺史、长城县公，谥曰昭烈；弟休先侍中、使持节、骠骑将军、南徐州刺史、武康县侯，谥曰忠壮，食邑各二千户。甲寅，遣兼侍中谒者仆射陆缮策拜长城县夫人章氏为义兴国夫人。丁卯，诏赠高祖祖侍中、太常卿，谥曰孝。追封高祖祖母许氏吴郡嘉兴县君，谥曰敬；妣张氏义兴国太夫人，谥曰宣。
二月庚午，萧勃举兵，自广州渡岭，顿南康，遣其将欧阳頠、傅泰及其子孜为前军，至于豫章，分屯要险，南江州刺史余孝顷起兵应勃，高祖命周文育、侯安都率众讨平之。
八月甲午，进高祖位太傅，加黄钺，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，并给羽葆鼓吹一部，其侍中、都督、录尚书、镇卫大将军、扬州牧、义兴郡公、班剑、甲仗、油幢皂轮车并如故。丙申，加高祖前后部羽葆鼓吹。是时，湘州刺史王琳拥兵不应命，高祖遣周文育、侯安都率众讨之。
九月辛丑，诏曰：