十二月庚子，以灾伤免应天、淮、扬等府、徐州嘉靖元年、二年，未征草场子粒银两。甲辰，南京兵部右侍郎席书上言：“今岁南畿旱涝相仍，民饥殊甚，已经有司疏闻，下廷议赈恤。第饥民甚多，钱谷绝少，恐难给济。须别等第，酌缓急乃可。……考古荒政，可行于今者，惟作粥一法。不烦审户，不待防奸，至简至要，可以举行，……今总计南畿，作粥江南北，可四十二州县。大都、大县设粥十六所，中县减三之一，小县减十之五，诸所设粥处，约日并举。凡以饥来者，无论本处、邻境军民、男妇老幼口多寡，均粥给济。起今十一月半，抵麦熟止，计用米不过十六万石，可活人二十余万，扶颠起毙，未有急于此者。因作为赈粥活民事宜，开列条款，装潢成帙以献。”疏上。上即命书从便宜行于江北，仍谕江南巡抚一体施行。丁未，蠲免应天府等州，县并各卫、所被灾田粮有差。戊申，停征淮、扬、徐等府、州嘉靖元年、二年，未及三年额办牲口，俱俟年丰带征。己酉，赈济南京屯牧军余。
三年春正月丙寅，南京地震有声。丁亥，南京户部尚书顾颐寿奏：“南京官军匠役，月支米十万余石，今括各仓所储，才足十万之数。近蒙截留兑运粮米三十万石，并改苏、松、湖三府京库折银可备米十万石，合之仅有五月粮耳。目今米价腾贵，人心忧惶，及查各省逋欠数多，乞照户部原拟，差官四员，分行郡县。”户部复议：“仍行各抚、按官严限查催。”从之。壬辰，户科给事中张汉卿等言：“先该户部复题，应天等府地方亢旱，欲将淮、浙运司余盐银两，及南京折纳干鱼并变卖没产银两，动支赈济。但前项区处银两，类非现在。往赈官员何所措手。饥困之民，朝不谋夕，若俟文移往来，缓不济事。乞特发太仓银两，星驰往赈，庶几有济。”上曰：“直隶地方，灾伤重大，人民流离困苦，朕心恻然。户部即发太仓库银十五万两，付差去赈济侍郎，都御史等官，分赈应天，淮安等府，务使穷民各沾实惠。”甲午，南京兵部右侍郎席书以南畿地方灾重，乞借淮、徐二仓积贮支运粮米，及南京乌龙等仓续到粮米，急赈救民。得旨：“准拨淮、徐二仓米各五万石，南京户部截留漕粮十万石，命侍郎席书随宜给赈。”乙未，以灾伤免南京锦衣等四十二卫屯粮有差。
二月壬寅，提督漕运、镇守淮安总兵官杨宏以江南北大饥，条上三事：“曰宽商税。言淮、扬榷关米舟出入，宜勿征，以招徕之，曰弛盐禁。言两淮场盐，宜听民肩担背负，出境易米，勿禁；曰抚流移。言民转徙地方者，令所在收恤。”户部复议，从之。庚戌，夜，南京地震。辛亥，苏、常、镇三府地震。甲寅，户部言：“近该南京守备太监秦文、魏国公徐鹏举、侍郎席书、御史朱衣各疏报灾请赈。窃计今天下灾，应天、江北最甚，江南次之。江北人相食，死者遍野。顷又雷电非时，地震千里，昏雾四塞，其气如药，非小变也。文、鹏举请发银置牛具子粒，招集流亡，使就春耕；书请借发淮、徐二仓济急；衣请截留湖广、江西漕粮及革前现贮军器、料银，且军民一体赈济，无非忧世恤民之意。反伏为今日计，在朝廷宜敦节俭，慎爵赏，停织造，止工作，敕勋戚、内外群臣咸务修省，无事侈靡，上下交修，以答天谴。然后申谕赈济大臣，责实行之，以苏民困。”诏如议行。壬戌，南京前光禄寺少卿史后、监生杨谌、杨谦各出粟赈饥，抚臣以闻，上嘉其行义。赐后从四品散官服色，谌、谦视铨次量加一级。总督漕运都御史胡锭以江北赈饥，请鬻运米，以平市价。户部复议。从之，仍听截留正米连耗十四万石，贮各仓备赈，而扣今所发银七万两，抵输太仓。以灾免镇、苏、常、松四府税粮有差。兵部复：“南京守备、魏国公徐鹏举等议言，南京大、小教场及新江口季报官军三万四千二百，今鹏举等疏止称访求将领，挑选五千，其余安在。宜行南京内外守备，督率各属，悉所选军士，严加训练，有警以便宜调发。甲胄出守备府赎锾修之，火器工部铸式遣官造送。”诏如部议。甲子，以南京各府灾，暂免刷卷。
三月戊辰，增应天府廪膳生二十名。从御史陈伯谅请也。壬申，诏发两淮盐引，召商变卖，以助淮、扬赈济。从侍郎席书奏也。癸巳，以灾伤，停征镇江府拖欠粮米。
四月戊戌，崇明沙贼出掠江上，拒杀巡江指挥樊邦勇、千户刘钦。御史王杲以闻。兵部复议。诏：“罪其先逃及后期不援者。邦勇、钦子袭升一级，官军死者，恤其家。仍令操江、巡抚官各督所属克期捕绝，毋贻后患。”丁巳，以应天府灾，停岁造段匹。
五月甲戌，南京内官监太监王堂请拨孝陵等卫军三十名，看守房屋，已得旨许之。兵科都给事中安磐劾堂欺慢，谓：“本朝事例，私役军人过十名者，以法论。宜追寝前命，勒堂闲住，以示薄罚。”疏入，报闻。后，南京御史唐勋等合疏劾堂，乞明正其罪。章下所司。
六月戊戌，升河南道御史唐凤仪为应天府府丞。直隶镇江府生擒海贼董效等一百九十五人，斩馘一十五人。兵部拟上功罪。诏操江都御史伍文定赐敕奖励。己亥，升刑部左侍郎孟凤为南京刑部尚书。辛丑，裁革海州、盐城、宿迁、睢宁、清河、安东等税课局。从巡按御史刘栾奏也。壬寅，升兵部左侍郎李钺为右都御史、总督漕运、兼巡抚凤阳等处。庚戌，户部言：“去岁灾伤，惟庐、凤、淮、扬四府、滁、和、徐三州为甚，而应天、太平、镇江次之，其余府、州、县灾各有差。及席书所报，垂死极贫者四十五万，以疫之死者十之二三，则荒弃田土亦不甚多。恐所司不以国计为重，而藉口于是，征纳失期，使官民俱困。乞谕天下有司，先招来逃亡，给之牛种，令其复业。其绝户荒田，则召人佃种，而宽其徭赋。务在通融，不失原额。至屯田就荒者，亦为并处，军士流亡，不得冒支，积有余米，以补绝户屯粮之数。”上悉从之。戊午，以灾伤免应天府上元等县草场地租有差。辛酉，徐州蝗，令诸司悉计禳治之，仍核灾伤，如例蠲益。
七月丁卯，升南京太常寺少卿黄爌为应天府府尹。壬申，以旱灾免应天、苏州、松江、常州、镇江等府及太仓州夏税有差。
八月，改南京户部尚书杨旦为吏部尚书。
九月乙丑，改南京户部尚书颜颐寿为南京吏部尚书。庚午，升南京右都御史邹文盛为南京户部尚书。癸未，南京总理粮储兼巡抚右都御史吴廷举言：“应天诸府税粮逋负过多，请申明律例，通行遵守。”于是三法司会议，言：“征收税粮限期及罪名，律文皆已明载。至于条议，不过推广律意，因事立法耳。如违限一年，律称迁徒。今以迁徒之法不行，则有比流减半，准徒二年之例。又恐准徒无以惩恶，则有无故不纳秋粮，发附近及边卫充军之例。如官吏受财，律以枉法论，今以枉法满贯，止准徒五年，不足以禁赃污，则有满贯充军之例。律称提调管粮者处绞，今概拟绞则太重，准徒则非制。而掌印即提调，管粮即部粮，故又分职守等第，定为住俸、降级之例。律例轻重，大抵互相发明，盖欲法在必行，刑不轻用。臣等谓诸挟势积习奸弊，应严督追征者，宜悉如廷举议行之。然东南连岁灾伤，民困已极，有司供敛，多于税粮。甚有废革诏书，公自催科，致财尽民穷，良为可悯。宜下令有司，俾遵守律例，及时催征，勿因循误事。临期酷逼，有违法科敛者，罪之如律例。”上然之。命粮税皆时催征，如法稽考，不得因循误事，有滥行科扰者，严加禁革。