神宗万历元年壬子朔，尹台复为南京礼部尚书。庚申，吏部都给事中陈三谟，劾原任苏松兵备副使蔡国熙奸邪险诈，且言其假道学以欺世，自知大察难免，托疾求归，不当听其致仕，竟不加显斥。国熙遂革职听勘。丙寅，升湖广左参议舒应龙为山东副使，整饬徐州等处兵备。差广东道御史张更化巡按淮、扬。
三月壬午，升大名府知府王叔杲为湖广副使，整饬苏、松、常、镇兵备。乙未，差广西道御史王琢玉督理两淮盐课。辛丑，豁免应天高淳县边湖淹田存留米八百六十余石，仍令查各府豪占江湖洲荡及新涨田亩，清理起科，以补前额。壬寅，河道侍郎万恭奏：“江南粮运开帮，期于岁十二月。在江楚长江大河则可，至若吴、浙之舟，阻于京口闸，必待季春开闸，方可开帮。今年早运，实由诸臣挑浚京口所致。顾事必专管而后善，计必远虑而后成。江南河道水利，原设都水司郎中一员，后革郎中，令兵备道带管。权阻于遥制，力分于他务，三江运道，遂至湮滞。今宜比照惠通、北河、南河事例，复设郎中，驻扎镇江。以其余力兼治三吴水利。”工部言：“三吴水利积弊已极，非工部郎中所能任，已责成应天巡抚督理。其京口闸挑浅事务，仍旧分责于各道，而亦统领于督臣为便。”
四月乙亥，工部请建复淮南平水闸与浅船浅夫，及建天妃庙口石闸，修复境山闸。从之。仪真建平水闸二座，江都一座，高邮十座，宝应八座，山阳二座，凡二十三座，座三百金；自仪真至山阳五十一栈，栈设捞浅二小船，船七金，浅夫十名。天妃口大闸一门，除堪改废石料，仍用二千五百金；境山旧闸五百二十金，凡费工料一万余金，悉听河道便宜酌处。闸多则水易落而堤坚，浚勤则河愈深而堤厚。建天妃闸则时闭时启而省挑浚，修境山闸则有留有接而省盘剥。既裨运道，且资民生，议发于恭而衡复行之，诚万世之利云。丙子，督漕御史张宪翔奏：“今岁漕运粮四百万石，除灾例准改及山东、徐州例不过淮洪，并留常盈仓外，实该过洪粮三百一十万一千九百五石一斗，共船八千五百二十六只，以正月九日至四月十日，悉数过洪，粮既全运且无闰。较之上年过洪尤早，因归功河漕诸臣焉。
五月庚子，差贵州道御史许大亨巡按苏、松、常、镇四府。
六月壬戌，差监察御史郑国仕等巡按应天等处。丙寅，改铸苏、松兵备道关防，兼管河道。壬辰，以淮安水灾异常，发长盈仓米六万石赈之。丙子，兵科给事中赵思诚奏请清查河道钱粮，雇徐、淮贫民修挑海口。旨下该部。戊寅，裁革淮、扬、徐州等处十一递运所，从巡抚王宗沐议也。
七月辛巳，工部复：“给事中赵思诚疏言，黄河挟百川万壑之势，益以伏秋潢潦之水，拔木扬沙，排山倒海，所向无坚不瑕，所赖以容纳者在海，而输泄之路则海口也。海口梗塞，一夕则无淮安，再夕则无清河，无桃源。运道冲决，伤天下之大计，人民昏垫，损一方之生灵，关系诚不浅小。故必疾使之泄，其害始息，必多为之委，其泄始易。淮安旧有八口，今止存其一，其委既少，则流必缓，诚宜早计亟图。至于近年河水，未尝加益，特因河决之后，冲刷未尽，淤垫遂积，故河身日高，堤岸日卑，日卑日增，终当奚极。宜行河道诸臣，逐一踏勘会议，具题以请。”上是之。戊戌，巡按直隶御史李学诗奏建清浦县于唐行镇。报可。
八月壬戌，御史朱文科巡按应天等府。
九月甲申，南京右都御史傅颐为南京户部尚书。戊戌，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾奏言：留都根本之地，且陵寝所在，关系尤重。原额军不下九万余名，马五千一百余匹，仅足防御。今军止二万二千名，马二千九百余匹，比之原额消耗已多。矧值闽、浙警报，壤地相接，守备单弱，实所当虞。宜如体乾等议，选各卫丁随伍操练，照给全粮；动支贮库草场银两，买马六百匹应用。”从之。甲辰，河道侍郎万恭奏：“今岁七月，黄河水涨。徐州黄水骤发，阅月方始归漕，皆故老所竞言未见者。因自称调度机宜，合房村堤一百余丈，正河千里安流。通茶城口淤一十余里，回空千艘速出。仍开国初以来治河之法及今所探各处浅深以闻。”疏下工部。丁未，工科署给事中朱南雍参河道侍郎万恭言：“防河甚于防边。为河臣者，事必预报庙堂，方可据以处分；功必实图国计，方可藉以利济。臣备访河务，咸谓茶城淤塞二十余里，万恭起夫数万，挑浚罔效。回空粮船数千，阻泊于上河者，不下五十余里。幸黄水旁冲小沟，恭督军民拖泄空船从小沟出，日不能七八只。正河仍未开通。今据恭奏谓，河通于九月十二日，距恭具疏时，才五日耳。纵神运鬼输，焉能于五日间，尽回数十里粮船。始之失事，既属隐蔽，今之奏词，又属朦胧。弥缝一时之失职，侥幸后日之成功。且不图目前之难，而谈古法之沿革，不虞上流之塞，而计下流之浅深。恭盖曰，河道通塞，自古已然，下流俱深，一浅何害，又何莫非掩过幸功之心。夫今岁南回之空船，即明年北上之重船，使茶城一日不开，则空船一日不下。明年之运，将有欲早而不可得者。乞敕令万恭戴罪管事，悉心河务，以赎前愆。”工部复亦罪恭。下严旨，切责之。
十月癸丑，升光禄寺卿路天道为应天府府尹。甲寅，设厂于瓜、仪，改造江北、南京各总浅船。
十一月壬午，河道侍郎万恭奏：“江南运道，延袤八百余里，每岁夏初开运，河水充溢，运道无虞。今改于年前十二月开帮，正属各河浅滞，诸坝断流，京口封闭之侯。挑浚工费动以数万计，仰给导河银，是以杯水救车火，且病农病商。派夫于丁田，则病民；借办于铺行，则病商；取给于协济，则病邻，俱属偏枯，非久计也。查江南漕粮凡二百万石，每石旧带征雇船脚米七升。近瓜州建闸，运船径抵水次交完，此米遂蠲。宜仍每石征一升，岁折银一万两，查各府河务轻重，分发守贮，名曰运河银。凡遇漕渠挑浅、筑堤、建闸、修坝、雇募夫役、买办什物、一应工费，悉于此项内动支应用。再不干扰农商，贻累邻境。以瓜闸所省江南之费，为江南运道通融之用，似为长便。”下工部复。行之。