元顺帝即位后，为报谢“翊戴”之功，拜大臣伯颜（蒙古人叫伯颜的很多，最有名的就是现在这位以及先前平南宋的那位）为中书右丞相。
当初，燕帖木儿趁泰定帝初死在大都举事，南迎元文宗入统，正是首先给身任河南行省平章政事的伯颜发密信，让他率军队保护时为怀王的元文宗北上。由于昔日元武宗待伯颜有恩，他临危受命，在政治形势完全不明朗的情况下，毅然应命，召集河南行省僚属，以实相告，点集人马，备足金帛谷粟，以五千勇士中道迎接元文宗。其间，河南行省参政脱别台觉得天顺帝在上都为帝，不应该再立别人，趁夜黑时分冲入伯颜帐内想杀人。结果，伯颜手夺其剑，反而把脱别台捅死在当地。元文宗入河南地后，伯颜一直陪他回到大都。所以，元文宗时期，伯颜因拥立之功，已获加太尉、太保、太傅的荣衔，并被封为浚宁王，主管禁卫军权。
顺帝虽是少年，很识谙宫廷政术，为压制燕帖木儿家族势力，他拜伯颜为中书右丞相之后，又进其为太师，“兼领威武、阿速诸卫”。不久，又进封伯颜为秦王，“总领蒙古、钦察、斡罗思诸卫亲军都指挥使”，这样一来，燕帖木儿家族直辖的钦察籍禁卫军也全归拔伯颜管辖。
伯颜像燕帖木儿的儿子，中书左丞相唐其势见伯颜一派势力越来越大，官职又居于自己之上，非常不满，当众气鼓鼓说：“天下者，本我家天下也！伯颜何人，位居我上！”所以，这小伙子常常“裹甲带刀”入伯颜家中找碴，或半夜找几个钦察军官饮酒。动静闹腾挺大，但唐其势为人“猛憨无术，实无他异谋也”。政治势力，向来是此消彼长。伯颜深知这个乳臭未干的唐其势连他爸燕帖木儿本事的十分之一都没有，便密奏元顺帝说唐其势与其弟塔剌海、其叔答里以及蒙古宗王晃火帖木儿等人勾结谋反，“谋援立（燕帖古思，元文宗亲子）以危社稷”，并唆使宗王彻彻脱入宫内告变。
元顺帝深恨燕帖木儿一家，马上下诏伯颜率兵“平乱”。
伯颜得御诏后，立即逮捕了唐其势。《元史》上讲唐其势伏兵东郊后，亲率勇士数人入宫想弑帝。此举完全说不通。如果是缜密部署，燕帖木儿家族势力又大，换掉皇帝并不是什么特大的难事。从史书字里行间之中，可以判读出当时的真实情况：唐其势、塔剌海兄弟二人，白天去宫内见妹妹、顺帝的皇后伯牙吾。伯颜忽然在元顺帝允许下生变，率众多禁卫甲士入宫抓人，唐其势“攀折殿槛不肯出”（如果真是有意带刀谋反，以唐其势之勇武，肯定应该殊死搏斗），其弟塔剌海见状，抱住妹妹的大腿哀号求救。当时，元顺帝也在不远处观变，伯牙吾皇后惊呼：“陛下救我！”一直恨得牙根痒痒的元顺帝高言：“汝兄弟为逆，岂能相救！”听皇帝如此说，伯颜杀心顿炽，当头一刀就把塔剌海劈成两片，鲜血溅了伯牙吾皇后满身。接着，他又按顺帝“指示”，把伯牙吾皇后贬出宫，并在开平的居舍中让士兵往其口内灌药，毒死了这位皇后。与其同时，伯颜发兵攻杀将兵在外的燕帖木儿另一个弟弟答里，清洗朝内和禁卫军中的燕帖木儿党人，尽诛其血亲，没收全部家财。
这场清洗中，元文宗之子、燕帖木儿的“义子”燕帖古思年交数岁，并未牵连被杀，仍然当他的“皇太子”（其实他是元顺帝的堂弟）。燕帖古思所以能“幸免”于难，还在于他有亲妈“太皇太后”即元文宗皇后卜答失里罩护，此妇人不是什么贤良善类，元文宗、燕帖木儿死后，她一直与伯颜私通。以天下第一肉与天下第一臣，一为肉体之欢，二为将来之算。卜答失里深知，宫外没有信得过的带兵大臣护佑，她母子性命非常脆弱。
正是由于她与伯颜有一腿，这位新权臣怂使元廷“议尊皇太后为太皇太后”。汉官许有王深谙礼制，上奏说：“皇上于太后，母子也。若如太皇太后，则为孙也。且大元制律，封赠祖父母，降父母一等，即彰明推恩之法，近重而远轻。今尊皇太后为太皇太后，看似尊之，实则远之轻之。”元顺帝不听，伯颜不听，于是，本为元顺帝婶娘的元文宗皇后听上去倒成了顺帝的祖母。
顺帝原皇后燕帖木儿的女儿伯牙吾被毒死后，后宫自然要有人填上位置。元顺帝本人很想立高丽女人奇氏为皇后，可从政治方面考量，只能把心爱的奇氏立为次宫皇后，居兴圣宫，号兴圣宫皇后；立翁吉剌氏为正宫皇后。这位正宫皇后乃元世祖皇后察必的曾孙，血系高贵。“（翁吉剌）后性节俭，不妒忌，动以礼法自持”，所以，元顺帝及日后奇氏所生的太子都一直很敬重她。至正二十五年，翁吉剌氏病死，免去了日后亡国流离之苦，也算是好人有“好报”吧。
伯颜诛杀燕帖木儿之族之后，“独秉国钧，专权自恣，变乱祖宗成宪，虐害天下，渐有奸谋。”没有约束的权力不仅腐蚀人，还会使人日益疯狂。他不仅在朝中遍植党羽，还让亲侄脱脱担任禁宫侍卫长，“伺帝起居”。值得庆幸的是，脱脱自幼受教于汉族大儒吴直方，深知君君臣臣之礼，忧虑伯父伯颜所为，并主动向顺帝表明忠君不贰的心意。