嘉靖元年，诏正各边军功。正德间，阉宦用事，诸报效奏带人往往籍名各边，伪上首功。或一人数处，或一时数名，并功授职，极为滥冒。又赐姓人荫录，爵衔者众，至是悉革正。其旧有军门办事皇后掌理诸名称者，仍置之法。初各镇人徼幸于此者，率贵盛，一旦权行，阊里道路以目。至是边人始有生乐，合掌叹服，以为天道难欺，国法有在云。
初，成化、弘治间，胡虏远遁，粮饷及时，二镇颇称富庶。后饥馑荐臻，寇复数拥，又值武宗巡边，贼臣乘机科索，军马往来，支费无纪，边储日耗。正德十六年，宣府管粮郎中冯曾缴送本年秋季文册，内开见在本色粮五万四千八百六十石；料五万一千六百五十八石；草一千三百五十九万七千三百五束；银二十八万三千五百三十五两。大同管粮郎中陆杰缴报本年秋季文册，内开见在本色粮十四万五千四百二十三石；料六万四千六百三十五石；草一千二百四十六万四千九百余束；银九万六千六百三十九两。俱仅可为平常之用，一遇有儆，遂不能给。
及宣大走回人口张小儿、王成（俱正德七年被小王子部下达贼抢去）报称，达贼在于西北住牧，要来边上抢杀。宣府巡抚李铎疏言：“所报虏贼众多，必须调取主客兵马，分布紧要城堡，按伏防虞。即今仓库空虚，主兵月粮尚欠，客兵从何处给。乞查照原讨挖运粮米数十万石，速发来边，以救目前之急。惟复先发银五七十万两，听管粮郎中设法籴买，以备客兵之用。”事下户部。议得太仓官库收贮抄没犯人银内，动支六万两。内四万两准作嘉靖元年年列之数，余作例外补给。遂命主事孙仪运送。又户部前因大同巡抚右佥都御史杨志学疏，缺边饷，乞给银开中引盐改纳本色，以救济窘迫。议将两淮运司嘉靖元年分额盐二十万引，每引价银五钱五分，开中仍于太仓动支抄没银四万两正，诏从其议。复榜谕各关守备等官，不许仍前遏粜，致误边储。遂差进士端廷赦运送。
吏科给事中杨秉义奉敕往宣大等处散赏还朝。复上疏曰：“臣等比出居庸，过岔道，但见去关渐远人烟渐疏，以为沙漠之区，固如是不足异也。行经旧榆林向水铺处，昔皆有名村堡，今鞠为故墟，屋壁倾圯，烟不黔突。及入宣府，市肆嚣然，斗米二钱。食粮仅千数官军，旧粮尚欠十月，而频圣川等处至有无米可买者。又至大同，穷苦与宣府相当，而仓粮不及其半。去至应州，盘得见在仓粮止有一斗七升。而其余城堡，颗粒无存者尚众。又井堡等处，调到按伏参将郑彻等呈称，欲去则达贼在境，欲往则日食无粮，进退甚为狠狈。臣等惊异，以为宣大京师之门户，如此室家，其何以宁处哉！又访得真、定、保三府及山西等处，秋收颇丰，米价视二镇不啻减半，移粟之计未必不可为今日急务也。伏望将内库户部收贮银两内更发三四十万，选委廉能部属官于居庸、紫荆、雁门等处，分投招买粮米。令二镇就于附近拨人挖运，则此可省脚价，彼可多致米。无事则可给官军月粮，有事则可以应客兵支用。可为经久至计，缓急有资，战守皆利。”诏户部议。尚书孙交题称：“差官召买，重遗劳费。及查本部粮草折银。因各处拖欠蠲免，解到甚少，俱难议动，乞请再于太仓库收贮抄没犯人银内动支二十万两，内宣府十万两，大同十万两。宣府六万两，大同七万两，准作嘉靖元年年例之数，余作例外补给。行咨各该巡抚并管粮郎中会同计议，将先今解送并彼处见在支剩各项银两，查照地方丰歉道里远近，从公估计定拟斗头数目，趁时召商籴买粮米。严立限期上纳，于紧要城堡收贮，以备支用。待米完之日，就将前银照数挨次支给。其主兵月粮量留折色银两，相兼放支，急听从宜区处，籴米在仓，先将旧欠俸粮，官军量给一二月以济春荒。仍行镇守内外官员斟酌边情缓急，非有重大声息，不许轻调官军。按伏浪费粮草，致损边储。”上悉行其议。以陈九畴为都御史，巡抚甘肃。
先时，甘州五卫旗军月粮每一石折放白银七钱。正德十六年，年丰米贱，巡抚许铭欲照时估折与银三钱三分。本年十二月初二日，铭与镇守太监董文忠、总兵李隆等俱在会议厅议事，五卫旗军二千余人赴告，要照旧价支放。铭不允，各军忿怒，打毁大门，一时拥入。铭喝令军牢将为首数人缚打数十。众军稍退不散，待至起更时分，各军齐声呐喊。董、李二人先行躲避。各军投掷砖石拥入，将铭打死，用火烧毁。及烧厅房，又将分巡西宁道佥事刘经搜拿，要行谋害。经潜避肃府田承奉宅内，越墙走脱。又将都司广盈库并军器库打开，劫出银两布疋盔甲。又烧断事司，并中前卮三卫镇抚司，打开囚犯出狱。至晓，太监总兵再三抚谕，众人方退。后将解到兰州未交官民运银五千三百余两，令太仆寺卿李炫同副总兵李义给散每军银七钱，折作十二月月粮一石。又令监枪太监申永下甘肃仓，每军给麦一石，亦作嘉靖元年正月分月粮。太监总兵会出告示，晓谕军民舍余人等内有被其胁从者，就便改过作为良民，入队听候操调，并不坐罪，悉便遵听。随假报有虏寇声息，齐军分布于各街口扎队，军威振作。初三日晚，差出巡视官军底十九等，擒获元恶王礼、罗月、屈伏、高乞儿等四名，斩首示众。同颗贺保儿等三十余人下狱，由是余党渐息。
二年正月初八日，董文忠、李隆上其事。以为：“许铭自渡河西，每行酷刑，打死西宁范百户等。又行文各司查审，不分久近商人号为流民，纳银公用。又抽减商人纳过粮草原价，又将此银纳豆者，每石加增三斗。革除夜不收月粮，审取三等九则，人户办纳银两，滥受革前词讼，良善惊疑，一次写匿名帖子绑在箭上射入都察院，一次帖于臣门，言地方事情不便，要将三堂改正。臣等闻之，甚为寒心，累次劝谏，未蒙听允。似此酷克，致生此变。即今变乱已平，内患已缉，边境获安。实仰仗我皇上威福所致，臣等不职之罪责亦难辞。乞敕兵部计议，将臣等提获。余党亦照例问拟如律，以示将来。”
于是陕西巡按御史喻茂坚疏曰：“都御史乃朝大臣，亲承上命，巡抚一方，任用非轻。及查许铭条约俱系除革宿敝，报国筹边至计。但锐意坚执，不无大急。夫何各军倚恃平素骄横，辄肆穷凶，聚至千数，肆行残杀，焚其尸首，极其惨毒。劫去库银，擅放狱囚，悖逆已极，大骇人心。及照李总兵、董太监各操统率军马之权，岂有不能救正之理。况彼时会议同在一处，乃任其作变，束手先避，罪岂容逭！及戕害已极之余，虽称擒获为首四名，为从三十余人，未审是否真正原谋同恶之人？虑恐尚有主使，元恶未获，冤愤何由而泄，国法何由而彰！乞速选风力老成练达都御史一员，星驰前去，巡抚与同镇守总兵官同寅协恭戮力边务，庶重镇无不制之兵，而衅孽可弭矣。”
陕西御史许翔疏曰：“甘肃为西陲臣镇，人杂，夷虏少知礼义之化。数年以来，上下剥削诛求，军民困苦已极。许铭锐意事功，除奸清敝，惊骇人心。不无太急，一时无知小民有不堪者，讹言繁兴，遂相媒孽，构成大患。其首从恶逆死有余辜。镇守总兵将领等官，亦有不得辞其责者也。”事俱下兵部议，乃会推九畴为甘肃巡抚。
兵部尚书彭泽疏称：“镇守董文忠、总兵李隆统领官军在彼，既不能设法调度，为预防于未然，又不能极力拯救，消祸乱于临事，顾乃假以劝谕为名，以致怨归巡抚，自脱罪愆。迹其所由，固许铭欲振肃风纪于初任，而未免抚驭少恩，亦缘切禁总镇官员沿集之宿弊，而寅恭未洽，各官虽无故纵主使之情，难免嫁祸苟全之罪。其副总兵李义、陕西行都司并各卫等官，平时既已失军士之心而无约束，临难又疾视长上之死而不救，援论法通合拿解来京，追究重治，但地方缺官，干碍人众，请行彼处巡按会勘拟奏发落。其总兵太监乞降敕切责，令各戴罪管事，务要与新任巡抚同心协力，修举边务。不许仍分彼此，失机误事，贻患地方，自取重罪。”上从其议。诏有罪人犯着巡按御史会同守巡兵备等官从公查审，拟议情罪。其余军士人等不曾同入帮恶，情有可原，俱免追究。许铭着以礼棺殓，照例祭葬，并伊家小差官护送还家。
时三边传报紧急声息。兵部尚书彭泽请设总制官以御虏患。上乃命侍郎李越兼都御史巡视经略，遇有达贼侵犯，即便调兵防御剿杀。陕西三边镇巡等官俱听节制，京营大宁等处官军不必带去，宣大、山西官军有警，急调应援，事宁具奏回京。越既拜命，即上疏曰：“御戎之道，守备为本，守备所资，钱粮为急。陕西三边地方广阔，年来将不择人，守备全废。兼以剥削日甚，索取百出，以致衣粮不得给散，军士因而逃亡。缺伍粮草，托故扣除，马匹因而瘦损倒伤，积弊之极，言不能尽。各该镇巡总兵等官连章奏主讨拖欠年例等项银两，虽已经户部奏准辏解应用，但所解之数不能尽偿所负，及已解去计今亦恐费尽。臣品识凡庸，当此巡视经略之责，敢不罄竭心力，仰副简命。念惟事须预图，庶克有济。臣即日起程前去，到彼之日，贼尚住牧在套，必须调度人马分布要害，先为防守。仓卒应变，钱粮最为紧急，若不早为计处，临期方行奏讨，不无缓不及事。乞敕户部于太仓及内府抄没犯银内动支三十万两，兵部于太仆寺常盈库动支马价银一十万两，各委的当官员管解军前，听臣分派各镇籴买粮料草束，买补征骑。”