可法既出，孔昭益无顾忌，结勋臣讦吏部尚书张慎言于朝。可法叹曰：『党祸起矣』！因疏曰：『先帝用人原无成心，傅宗龙、孙传庭起自累囚，张凤翔、袁继咸、马士英起自戍籍。当吴甡奉命南征，以候唐通兵不至，迟则过之，所可原者。即诸臣以为不可，亦须平心入告；何至痛哭喧呼，灭绝法纪！使骄将悍卒闻之，不益轻朝廷、长祸乱邪？昔主辱而臣死，今主亡而臣生。凡在臣工，谁能无罪！国难之作，勋臣之殉国者谁！文臣固多误国，武臣岂尽矢忠！若各执成见，文武水火，国家朋党之祸自此开、人才向用之途自此塞。臣不愿诸臣存此见也』！寻奉命祭告祖陵；祭毕，因上疏曰：『臣伏见二陵松楸如故，佳气郁郁，知万年灵祚之方未艾也。惟是北顾神州，山河顿异；感痛填膺，不能已已。连岁凤、泗之间灾异迭见，天鼓一月数鸣，地且三震，以致今春罹兹大祸。先帝躬神明之质，敬天法祖、勤政爱民，一十七年有如一日；尚不免身殉社稷，抱恨千古。天命之难谌而地灵之不足恃，于此可见。陛下践祚之始，祇谒孝陵哭泣尽哀，道路感动。若使躬谒二陵，亲见凤、泗境中万井悲风、千里赤地，蒿莱极目，鸡犬无声；汤沐遗黎，死亡殆尽：其呜咽悲愤又不知何如也！伏愿陛下坚此一心，慎终如始；察天人相与之故，考祖宗灵爽之依。处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安；享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展；膺图受箓，则念先帝之临渊集木何以忽遘危亡；早朝晏罢，则念先帝之克勤克俭何以卒隳大业？战兢惕厉，无敢刻忘，则二祖、列宗在天之灵必为请命上帝，默相陛下光复中兴。若晏处东南不思远略，滥恩施、开告密，贤奸无辨、威断不灵，老成激而投簪、豪杰因之裹足。窃恐祖宗怨恫、天命潜移，东南一隅犹未可晏然自保也』。上嘉答之。
六月，闯贼西遁，山东、河南郡县多据寨自保，杀伪官；而我大清兵已定北京，传檄四方。可法请速遣使北行，颁发监国、登极各诏，使中原知南国有君；从之。
时四镇争欲驻扬州，高杰尤暴横。进士郑元勋议纳杰以释怨，为州人所杀；杰怒攻城，知府马鸣騄、推官汤来贺拒守匝月。命可法往解之。杰素惮可法，趣其下宵取暴骨而埋之；入帐，洒然变色。可法故示以坦易，偏裨而下召见慰劳；因责杰曰：『将军之所以贵显者，以有君命也；如不奉诏而妄冀非属之地，则诸军与扬州之民皆得弯弓而射将军矣』！杰色沮，然浸易可法；以元勋死无罪，请诛首恶，纳其兵，不许。则止可法于其军，屏其左右，易所亲信者杖刀侍侧；可法谈笑不为动。徐草奏以瓜州予之；曰：『镇臣在瓜、臣在扬，调停于兵民之间释其猜嫌，同归于好』。又疏言：『高兵之南下也，初到不无骚扰；及镇臣斩数十人以徇，地方官民可以谅矣。乃抚臣黄家瑞漫无主张、道臣马鸣騄一味偏徇，听百姓日守河边草际，取零兵杀之；用是衅不可解。乡绅郑元勋亲到高营，所以为百姓；而百姓乘元勋一言之误，杀之抚臣坐次，碎其身首：抚臣威令之谓何！骂兵、杀兵以为爱民，而不知适以害民。臣于二臣，不能无憾！乞察首恶一重创之，庶纲常不至尽坏』！上谕部院议处；而扬州士民诣阙保任抚道，上乃优诏恕之。时刘泽清亦大掠淮上；刘良佐至临淮，士民张羽民等亦拒不纳。可法以次按部，皆听命，视杰加谨。可法遂开府扬州，设礼贤馆，招徕智谋之士及通天文、阴符、遁甲术者廪饩之，以监纪应廷吉主其事；募士得胜铠甲者百余人。时士英亦未敢为难，凡请饷，则属户部多方应之。用是，诸镇益和。
秋七月，大学士宏图乞休，请召可法入直；不许。我大清摄政睿亲王闻南都立君，贻可法书；责以「春秋」「不讨贼，新君不书即位」之义，谕令削号称藩。可法表上其书，劝上为自强计；即自具答书曰：『南中向接好音，法随遣使问讯吴大将军，未敢遽通左右；非委隆谊于草莽也，诚以大夫无私交，「春秋」之义。今倥偬之际，忽奉琬琰之章，真不啻从天而降也。循读再三，殷殷致意；若以逆贼尚稽天讨，烦贵国忧，法且感且愧。惧左右不察，谓南中臣民偷安江左，竟忘君父之雠；敬为贵国一详陈之。我大行皇帝敬天法祖、勤政爱民，真尧、舜之主也。以庸臣误国，致有三月十九日之事。法待罪南枢，救援莫及。师次淮上，凶问遂来；地坼天崩，山枯海泣。嗟乎！人孰无君！虽肆法于市朝以为泄泄者之戒，亦奚足谢先皇帝于地下哉！尔时南中臣民，哀恸如丧考妣；无不拊膺切齿，欲悉东南之甲，立翦凶雠。而二、三老臣，谓国破君亡，宗社为重；相与迎立今上，以系中外之心。今上非他，神宗之孙、光宗犹子，而大行皇帝之兄也；名正言顺，天与人归。五月朔日驾临南都，万姓夹道欢呼，声闻数里。群臣劝进，今上悲不自胜；让再让三，仅允监国。迨臣民伏阙屡请，始以十五日正位南都。从前凤集河清，瑞应非一。即告庙之日，紫气如盖，祝文升霄；万目共瞻，欣传盛事。大江涌出柟梓数十万章，助修宫殿；岂非天意也哉？越数日，遂命法视师江北，克日西征。忽传我大将军吴三桂借兵贵国破走逆成，为我先皇帝发丧成礼；扫清宫阙，抚辑群黎。且罢薙发之令，示不忘本朝。此等举动，振古铄今。凡为大明臣子，无不长跪北向，顶礼加额，岂但如明谕所云「感恩图报」已乎！谨于八月缮治筐篚，遣使犒师；兼欲请命鸿裁，连兵西讨。是以王师既发，复次江淮。乃辱明诲引「春秋」大义来相诂责，善哉言乎！然此为列国君薨，世子应立，有贼未讨，不忍死其君者立说耳。若夫天下共主身殉社稷、青宫皇子惨变非常，而犹拘牵不即位之文、坐昧大一统之义；中原鼎沸，仓卒出师，将何以维系人心、号召忠义？紫阳「纲目」，踵事「春秋」。其间特书，如莽移汉鼎，光武中兴；丕废山阳，昭烈践祚；怀、愍亡国，晋元嗣基；徽、钦蒙尘，宋高缵统：是皆于国雠未翦之日，亟正位号；「纲目」未尝斥为自立，率以正统予之。甚至如元宗幸蜀，太子即位灵武；议者疵之，亦未尝不许以行权，幸其光复旧物也！本朝传世十六，正统相承，自治冠带之族，继绝存亡，仁风遐被。贵国昔在先朝，夙膺封号。后以小人构衅，致启兵端；先帝深痛疾之，旋加诛戮：此殿下之所知也。今痛心本朝之难，驱除乱逆，可谓大义复着于「春秋」矣。若乘我国运中微，一旦视同割据；转欲移师东下，而以前导命元凶，义利兼收、恩雠倏忽，奖乱贼而长寇雠：此不惟孤本朝借力复雠之心，亦甚违殿下仗义扶危之初志矣。昔契丹和宋，止岁输以金缯；回纥助唐，原不利其土地。况贵国笃念世好，兵以义动；万代瞻仰，在此一举。若乃乘我蒙难，弃好崇雠；规此幅员，为德不卒：是以义始而以利终，为贼人所窃笑也，贵国岂其然乎！往者，先帝轸念潢池，不忍尽戮，剿抚互用，贻误至今。今上天纵英武，刻刻以复雠为念；庙堂之上，和衷体国。介冑之士，饮泣枕戈；忠义兵民，愿为国死。窃以天亡逆闯，当不越于斯时矣。语曰：「树德务滋，除恶务尽」。今逆贼未伏天诛，谍知卷土西秦，方图报复。此不独本朝不共戴天之恨，抑亦贵国除恶未尽之忧。伏乞坚同雠之谊、全始终之德，合师进讨，问罪秦中；共枭逆贼之首，以泄敷天之忿：则贵国义问照耀千秋，本朝图报惟力是视。从此两国世通盟好，传之无穷，不亦休乎？至于牛耳之盟，本朝使臣久已在道，不日抵燕奉盘盂从事矣。法北望陵庙，无涕可挥；身陷大戮，罪应万死。所以不即从先帝于地下者，实为社稷之故。「传」曰：「竭股肱之力，继之以忠贞」。法处今日，鞠躬致命，克尽臣节而已。即日奖率三军长驱渡河，以穷狐兔之窟，光复神州，以报今上及大行皇帝之恩。贵国即有他命，弗敢与闻。惟殿下实昭鉴之』！
八月，可法疏曰：『国家设四藩于江北，非为江左偏安计也；将欲定根基、养气力，北则为恢复神州之计、西则为澄清关陕之图，一举而遂归全盛耳。圣明在上、忠义在人，君父之雠耻特深，海宇之群心竞奋；乘时大举，扫荡可期。特所虑者，兵戈扰攘之中，不复有百姓耳。无百姓，何利于有疆土！故此时择吏不缓于择将，而救乱莫先于救民。所谓得一贤守，如得胜兵万人；得一贤令，如得胜兵三千人：正今日之谓也。前此北都未破，求牧方殷；非不有破格之升除，何曾收得人之实效。地有难易、缺有炎冷，兵荒破残之区，卒举而授之庸人；此岂白面书生所能胜任！目今人才告乏，东南缺员，安能复填西北之缺；则铨选法穷，安得不改为征辟。往时保举，多系慕膻；故捷足蝇营，真才裹足。今西北则危地也，危则人人思避；而真从君父起念者，乃始投袂相从。宜令抚按司道及九卿科道各举才胆过人、堪拯危乱者一人，赴臣军前效用，酌补守令缺员。二年考满，平升善地；三年考选，优擢京曹。有靖乱恢疆功能殊异者，立以节钺京堂，用示酬劝。再如江北、山东、河南一带，有能保护地方、为民推服者，即系桑梓之邦，亦可权宜径用。总求天恩破格，假臣便宜；决不敢滥用匪人，自误进取也』。从之。
初，可法虑高杰跋扈，移黄得功于仪征防之。九月朔，杰构兵土桥，得功愤欲报之，将大哄；可法调剂，始解。因巡阅泽清、良佐军，虚夸不足用；惟杰所统四万人皆山、陕劲卒，念其人虽暴抗，然慷慨识机变，可说而动。乃与杰往复论事，多所奖借。杰心动；杰妻邢氏见可法出至诚，乃亦劝杰倾心。可法喜曰：『吾事集矣』！乃命王相业监其军；奏李成栋、贺大成、王之纲、李本深、胡茂桢为大将，曰：『速驱之，可以专制河南』。杰以野次为辞，请入居扬州；绅民震动。可法自迁于东偏行署，以督府为之舍；邢氏约其兵听节制，始安堵。将进兵河南，朝议以款使方行，命暂止。
时陷贼诸臣南还；可法言：『诸臣原籍北土者，宜令投呈吏、兵二部注名录用；否则，绝其南归之心』。又言：『北部之变，凡属臣子皆有罪。若在北者始应从死，岂在南者独非人臣！即臣可法谬典南枢、臣士英叨任凤督，未能悉东南兵甲疾趋北援；镇臣泽清、杰以兵力不支，折而南走：是首应重论者，臣等罪也。乃因圣明继统，斧钺未加，恩荣迭被；而独于在北诸臣毛举而概绳之，岂散秩闲曹责反重于南枢、凤督乎？宜摘罪状显著者，重惩示儆。若伪命未污、身被刑辱，皆当姑置不问。其逃避北方、徘徊后至者，许戴罪讨贼，赴臣军前效力』。从之。
既高杰率所部北驻徐州，可法进驻清江浦；奏以李成栋为徐州总兵官、贺大成为藩标先锋总兵官、陆逊之为大梁屯田佥事、胡蕲忠知睢州、冷时中为开封通判、李长康为开封推官，以经略中原。命标下总兵李世春驻泗州、张天禄驻瓜州、许大成领忠贯营李栖凤驻睢宁、刘肇基驻高家集、张士仪驻王家楼、沈通明驻白洋河，马应魁为中军副将，翟天葵、陶匡明为旗鼓，汪一诚为参将，以分任防；河副使黄铉、主事何刚、知县吴道正分理粮饷，知县应廷吉为军前监纪。又与诸镇分汛地，听自择便利；其王家营而北至宿迁最冲要，可法自任之，缘河南岸筑垒焉。以高杰方刻期进取，为请饷于朝；而马士英以镇将与可法协为不利己，阴裁抑之。可法因疏言：『臣皇皇渡江，岂直调和四镇哉！朝廷之设四镇，岂直江北数郡哉！高杰请进取开、归，直捣关、洛；其志甚锐。臣于六月请粮；今九月矣，岂有不食之卒可以杀贼乎』？士英益靳之不发，数诏趣出师。可法举示四镇，皆曰：『不能给我饷而责我战乎』！由是坐困。
既而阮大铖迁兵部尚书，高、姜诸贤相继去位。可法乃上言：『近来人才日耗，仕路日淆；由名心胜而实业不修，议论多而成功绝少。遇清卿台省，则曰谋猷经济非其人不可；遇钱榖之任，则曰此危地何为困我！此推彼卸，始付庸人；倏用倏更，有同儿戏。即偶出特简，亦必百计求全，非托病、则弃官，曾无为国家实心任事者；以致败坏至此。今事势更非昔比，必专主讨贼复雠，舍筹兵、筹饷无议论，舍治兵、治饷无人才。有摭拾浮谈、巧营华要者，罚无赦。停不急之官、罢不急之务，俾大小臣工并力恢复：则中兴之业可成』。上优奖之而不能行。又言：『欲用大铖者以才，争大铖者以「逆案」也。大铖即可用，何必罪争者；即不可用，当采群议，何至以一人坏天下事乎』！不听。
冬十一月戊子（初四日），舟抵鹤镇。谍报我兵入宿迁，遣总共刘肇基、李栖凤往援。越数日，我兵围邳州，军于城北；肇基、栖凤进军城南。相持半月，各引去。已而报至南都，士英大笑；时杨士聪在坐，惊问何为？士英曰：『君以为诚有是事邪？此史道邻妙用也。岁将暮矣，将吏例应叙功、钱粮例应销算，为叙功、销算地也』。高杰既渡泗水，所部王之纲前驱薄睢阳；可法亦移营进次河上，建纛誓师。而朝政大乱，所奏请多中格，并铠仗、刍粮皆不至。复上疏曰：『自三月以来，陵庙荒芜，山河鼎沸。大雠在目，一矢未加；臣备员督师，死不塞责。晋之末也，其君臣日图中原而仅保江左；宋之季也，其君臣尽力楚、蜀而仅固临安。盖偏安者，恢复之退步；未有志在偏安而遽能自立者也。大变之初，君臣洒泣，士庶悲哀；痛愤相承，犹有朝气。今则兵骄饷屈、文恬武嬉，顿成暮气矣。屡得北来塘报，皆言清必南窥；水则广调唬船，陆则分布精锐。黄河以北，悉为清有；而我河上之防，百未料理。人心不肃，威令不行。复雠之师，不闻及关陕，讨贼之诏，不闻达燕、齐。晏然以不共戴天之雠置诸膜外，遂使北朝翻得以「僭逆」加我；鞿我使臣、蹂我近境：是和议断断不成也。一旦寇为清并，必以全力南侵；即使寇势鸱张足以相扼，必转与清合，先犯东南。宗社安危，决于此日。今即庳宫室、菲饮食、尝胆卧薪、破釜沉舟，尚虞无救；况臣观庙堂之规画、百执事之经营，尚有未尽然者乎！夫将之所以能克敌者，气也；君之所以能驭将者，志也。庙堂之志不奋，则行间之气不张。夏之少康，不忘逃出自窦之志；汉之光武，不忘芜蒌爇薪之时。臣愿皇上之为少康、光武，不愿左右贽御之臣以晋元、宋高之说进也。忆臣初迎圣驾时，陛下言及先帝，则泣下沾襟；恭谒孝陵，则泪痕满袖。皇天后土，实式鉴临。曾几何时，顿忘斯志。先帝以圣明罹惨祸，此千古以来所未有之变也。先帝待臣以礼、驭将以恩；国家变出非常，在北诸臣死节者寥寥、在南诸臣讨贼者寥寥：此千古以来未有之耻也。庶民之家，父兄被杀，尚思穴脰、断胸得而甘心；况在朝廷，顾可膜置！以臣仰窥圣德、俯察人情，似有初而鲜终、改德而见怨。以清之强若彼而我之弱如此，以清之能行仁政若彼而我之渐失人心若此，臣恐恢复之无期而偏安未可保也！今宜速发讨贼之诏，严责臣与诸镇悉简精锐直指秦关；悬上赏以待有功，假便宜而责成效。丝纶之布，痛切淋漓；庶海内忠臣义士闻风感激，必有投袂而起者矣。国家遭此大故，陛下嗣登大宝，原与前代不同。诸臣但有罪之当诛，曾无功之足录；幸免斧锧，已为大幸。臣于陛下登极诏稿删去「加恩」一条；不意颁发之日仍复开载，贻笑敌人。今复恩外加恩，纷纷陈乞；貂珰满座，保傅洊加。名器之滥，于斯为极！似宜稍加慎重，以待有功；庶使戮力行间者，有所激励。至兵行讨贼，最苦无粮；搜括不可行，劝输亦难继。宜将内库一切催解，凑济军需。其余不急之工役、可已之繁费，一切报罢；朝夕之晏衎、左右之贡献，一切谢绝。即事关典礼，万不容废，亦宜概从俭约。盖盗贼一日不灭，海宇一日不宁。即有深宫曲房，岂能晏处；即有锦衣玉食，岂能安享！此时一举一动，皆人情向背所关、邻国窥伺所及。必陛下早作夜思，念祖宗之鸿业，复先帝之深雠；振举朝之精神，萃四方之物力，以并于选将、拣兵之一事：庶乎人心可鼓，天意可回耳。臣待罪戎行，不宜复预朝政。然安内实攘外之本，故敢痛切直陈。唯陛下留意』！上优诏答之。