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伪总督黄毓骐案 顺治五年四月，凤阳巡抚陈之龙奏：“自金逆之叛，沿海一带与舟山之寇止隔一水，故密差中军各将稽察奸网，擒到伪总督黄毓麒并家人袁五，搜获铜铸伪关防一颗，反诗一本，供出江北窝党薛继周等，江南王觉生、钱谦益、许念元等。见在密咨拿缉。”得旨：黄毓麒着正法。其江北窝贼薛继周，江南逆贼王觉生、钱谦益、许念元等，著马国柱严饬该管官访拿。袁五著一并究拟。陈之龙旋以御寇疏防，纵兵抢掠，被劾降调。
黄毓麒系江阴人。所有伪印及悖逆诗词，皆于通州法宝寺缉获。逮问后，病毙於狱中。巡抚陈之龙以钱谦益会留黄毓麒宿其家，且许助资招兵；又有盛名儒者，首告谦益从逆。总督马国柱奉诏逮谦益质讯。谦益至江宁诉辩。时谦益年已七十，哀乞问官开脱。会毓麒死，盛名儒逃匿不赴质，乃以谦益与毓麒素不相识定谳。国柱因疏言：“谦益以内院大臣归老，子侄三人新列科目，必不丧心负恩。”谦益于是得释归。先是，顺治二年五月，豫亲王多铎定江南，谦益迎降，寻至京候用，以礼部侍郎管秘书院事。任职甫数月，以疾乞假回籍。有诏许驰驿，密令巡抚、巡按视其疾痊具奏。盖清世祖甚疑其有异志也。谦益于狱解后，刊行所著《初学集》、《有学集》。乾隆三十四年奉谕销毁书板。
丁酉科场案 顺治十四年，丁酉科乡试。上遣翰林院侍讲方犹为正考官，编修钱开宗副之。榜发后，与论大哗。好事者编为诗文及《万金记》传奇杂剧，备极丑诋。所谓《万金记》者，以方字去一点为万，钱字去右旁为金，指二考官之姓以调侃也。十一月壬戌，给事中阴应节参奏：“江南主考方犹等弊窦多端，物议沸腾，其彰著者，如取中之方章钺，系少詹事方拱乾第五子；咸亨、咸膏，茂之弟，与犹联宗有素，乘机滋弊，冒滥贤书。请立赐提究严讯。”得旨：“据奏南闱情弊多端，物议沸腾。方犹等经朕面谕，尚敢如此，殊属可恶!方犹、钱开宗并同考试官，俱着革职，并中式举人方章钺，刑部差员役速拿来京，严行详审。本内所参情事及闱中一切弊窦，着郎廷佐速行严查明白，将人犯拿解刑部；方拱乾着明白回奏。”方拱乾时官少詹事。十二月乙亥，方拱乾回奏：“臣籍江南，与主考方犹从未同宗，故臣子章钺，不在回避之例。有丁亥、己酉、甲午三科齿录可据。"下所司查议。明年二月庚午，御史上官铉劾奏：“江南省同考官舒城县知县龚勋，出闱后被诸生所辱，事涉可疑；又中式举人程度渊，啧有烦言，情弊昭著，应详细磨勘，以厘夙奸。”得旨：“着严察逮讯。”丙申，礼部议复：“御史上官铉奏，江南新榜举人啧有烦言，应照京闱事例请钦定试期，亲加复试，以核真伪。至直省士子云集，闱务不便久稽，其江南新科举人，应停止会试。”从之。三月庚戌，上亲复试江南举人。戊午，谕礼部：前因丁酉科江南中式举人情弊多端，物议沸腾，屡见参奏，朕是以亲加复试。今取得吴珂鸣，三次试卷，文理独优，特准同今科会试中式一体殿试；其汪溥勋等七十四名，仍准作举人；史继夫、詹有望、潘之彪、洪济、黄枢、秦广之、陈溯潢、许允芳、张允昌、何亮功、何炳、曹汉、马振飞、朱扶上、万世俊、黄中、董粤固、韩揆束、谢金章、许凤、杨大鲲、周篆、沈鹏举、史奭等，亦准作举人，罚停会试二科；方域、林大节、杨廷章、张文运、汪席、陈珍、华廷樾、顾元龄、刘师汉、夏允光、程牧、孙有安、叶甲、孙长发等十四名，文理不通，俱着革去举人。案是科解元原系丹徒蒋钦宸。至复试第一之吴珂鸣，则武进人，以改定乡试一名，赐翰林院侍读。据《武进县志》所载如此。十一月辛酉，刑部审实：江南乡试作弊一案，正主考方犹拟斩；副主考钱开宗拟绞；同考官叶楚槐等拟责遣尚阳堡；举人方章钺等，俱革去举人。得旨：方犹、钱开宗差出典试，经朕面谕，务令简拔真才，严绝弊窦，辄敢违朕面谕，纳贿作弊，大为可恶!如此背旨之人，若不重加惩治，何以儆戒将来？方犹、钱开宗俱着即正法，妻子家产籍没入官。叶楚槐、周霖、张晋、刘廷桂、日后民、郝惟训、商显仁、李祥光、银文灿、雷震声、李上林、朱寅、王熙如、李大升、朱范、王国桢、龚勋、俱着即处绞，妻子家产籍没入官。已死卢铸鼎，妻子家产亦籍没入官。方章钺、张明荐、伍成礼、姚其章、吴兰友、庄允堡、吴兆骞、钱威，俱着责四十板，家产籍没入官，父母兄弟妻子，并流徙宁古塔。程度渊在逃，责令总督郎廷佐、亢得时等速行严缉获解；如不缉获伊等受贿作弊是实，尔部承问此案，徇庇迟至经年，且将此重情问拟甚轻，是何意见？作速回奏。余如议。”十二月丁亥，吏部议：“刑部尚书图海、白允谦、侍郎吴喇禅、杜立德、郎中安珠、胡悉宁、员外郎为海、主事周明新等谳狱疏忽，分别革职、革前程并所加之级，仍罚俸。”得旨：“图海等本当依议，姑从宽免革职，着革去少保、太子太保并所加之级；其无加级者，着降一级，留任。”十六年闰三月戊子，再复试丁酉科江南举人。此次复试后如何处分，官书纪载无考。
本案两主考皆斩决。十八房考，除已故之卢铸鼎外，皆绞决。所有妻子家产籍没入官，则主考房考均同，虽卢铸鼎其身已故，亦未邀免。其新科举人，计罚停会试二科者，史继夫等二十四人；革去举人者，方域等十四人；刑责籍没，与家属流徙宁古塔者，方章钺等八人；至复试后仍准作举人之汪溥勋等七十四人，皆以听侯复试，不及于十五年戊戌科会试。惟吴珂鸣以钦定复试第一，特准同会试中式者一体殿试焉。
是科江南乡试得人最盛。如张玉书、马世俊、陆灿、赵炳等，皆一时知名之士。其与方章钺等遣戍宁古塔之吴兆骞，为总督郎廷佐讦奏显有情弊者八人之一，才名尤震一世。后至康熙二十年，始获纳赎赦还。而丁酉中式之华亦祥，旋于顺治十六年己亥科殿试一甲第二名。叶方蔼亦于同年殿试一甲第三名。马世俊续于十八年辛丑科殿试一甲第一名。一榜得三鼎甲，洵为制科希有之盛。即以十五年戊戌科会试而言，其殿试一甲第一名孙承恩，第二名孙一致，第三名吴国对三人，虽皆中式甲午科顺天乡试，并非丁酉南闱举人，然以一榜鼎甲，当大狱未定之时，猜防正急，乃悉为江南士子所获。可见南省人文，实有以涵盖天下。而丁酉之狱，言官及下第士子，喧哗为弊窦多端者，恐亦未必尽信也。
马逢知附逆案 江南提督马逢知，于顺治十七年正月，因论江南浙江失陷城池各官罪案内被部议罚俸，未几而有附逆之狱。八月甲申朔，议政王贝勒大臣兵部刑部议奏：“马逢知纵放奸细，阴附逆贼，贻误封疆，负国重恩，情罪重大。马逢知并其子俱应斩立决，妻妾家产俱籍没入官。江南巡按马腾升，与逢知结为弟兄，同谋徇隐，亦应斩立决。”得旨：“据审为逢知交通海逆，情罪重大。但逢知彼时或贼至献城，或率兵从贼，叛迹显著，自应并伊子即行正法。今闻招内将海逆差来伪副将刘澄不即诛戮，仍行放回，阴附贼是真。至显为叛逆之处，尚未得实情，事关重辟，宜加详审。马逢知并其亲子及马腾升，俱应斩，着牢固监候。家产依议籍没。该部选才能侍郎一员，前往会同刘之源、郎廷佐、梁化凤，确察马逢知当日叛逆事迹。果有确据，再行加等治罪。”十二月戊子，刑部侍郎尼满会同驻防京口大将军刘之源等议奏：“臣等查马逢知交通海逆一案。缘有海贼柳卯，于沙浦港被我军擒获，逢知声言系投诚之人，停留住宿，给食、赏银，托言令往招抚海船，纵之使还。又海逆郑成功曾遣伪副将刘澄，说令逢知改服衣冠，领兵往降。逢知声言欲杀刘澄，而实未杀，反餽刘澄银两；又差人以扇遗成功；又将申报成功投诚之本先示成功；又蔡正系逢旨发回之人，不即斥逐，私留数月，将蔡正之发雉短，以便潜往，又遣人护送出境，给以银两及狐腋褂、毯子等物，并寄成功书札。至劝刘澄招抚之事，讯之副将赵光祖、岑应允供称，并无见据。又赵光祖等供，刘澄带来信系逢知弟马三接自逢知之手，即经裂碎焚毁。是逢知当日叛逆从贼，虽未显著，然当海贼率众直犯江南之时，讬言招抚，而阴相比附，不诛贼党而交通书信，且潜遣奸细往来，此则臣等审查所得之情节也。”得旨：“此所供词着议政王贝勒大臣核议具奏。”寻论罪如律，逢知伏诛。
逢知原名追宝，顺治十四年诏改名逢知。由明安庆副将都督同知于顺治二年投诚，旋隶镶白旗汉军，改正蓝旗。十三年迁苏松常镇提督。嗣以提督郎廷佐奏，专管陆兵。十六年郑成功犯江宁，连陷州县。部臣劾逢知失陷城池，当镇江失守，拥兵不救，贼遁又不追剿。而户部给事中孙光祀、礼科给事中成肇毅先后疏劾逢知隐通海逆情形。上命逢知革职解任，遣刑部侍郎尼满往江南会同将军总督等鞫实伏法。其时江南归附未久，义民时有反侧。成肇毅劾逢知疏，请令抚按严究党羽。由是南人因通海之嫌被诛累者，不知凡几矣。
倪用宾等哭庙案顺治十八年正月，世祖上宾。二月，哀诏至苏，设位府署大堂。巡抚朱国治、巡按张凤起、巡道王纪及府县官绅等哭临三日。诸生倪用宾等百余人，因吴县知县任维初催征欠粮，杖毙一人，并盗粜仓米，閤邑洶洶不能，相率哭于文庙。鸣钟击鼓，既乃拥至府署，进揭帖。人民从者且千余，号呼欲逐任令。国治及诸哭临者大骇，立命捕治。众哗散。获倪用宾等十一人，发道署审讯。时为二月初四日也。王纪讯金人瑞等，则极陈知县贪酷状。总书吴行之供称：“经粮米四百石，得银三百二十两，交与本官是实。”维初供称：“到任止二月，无从得银。抚台索餽急，不得已而粜是实。”国治诇知维初供及己，大惊。潜遣人赴道署取口供，易之；复发一宪檄与维初，略言兵饷孔亟，须多征粮米以备，将年月提前填写，为维初开脱地步。国治旋即具疏上闻，略言：“兵饷难完，皆由苏属抗纳，而吴县尤甚。新令任维初目击旧官皆以未完降革，遂行严比，以副考成，顿起物情之怨谤。劣生倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周玠、徐玠、叶琪等，当哀诏哭临之日，乃千百成群，肆行无忌，震先帝之灵，罪大恶极，其不可逭者一也；县令虽微，乃系命官，敢于声言扛打，目中尚知有朝廷乎？其不可逭者二也；匿名揭帖，律令甚严，身系青衿，敢於自蹈，其不可逭者三也；尤可异者，道府自有公审，乃串凶党数千人，群集府学，鸣钟击鼓，意欲何为!至于赃款，止有卖漕一款，出自本役吴行之口供，并无见证。总之，吴县钱粮，逋欠成例，稍加严比，便肆毒螫。若不显示大法，窃恐诸邑效尤，有司丧气，不敢再行追比。攫此恶锋，伏祈乾断，严加法处施行。”二月十一日具题至京。奉旨：“着侍郎叶尼、理事官英拏春、沙海勒布等，公同确议，拟罪具奏。”四月钦差叶尼等在江宁会审。初四日，倪用宾等起解。任乘马，从披甲数骑。诸生十一人各械系，每人押公差二、披甲数十骑拥之行，稍缓则鞭策乱挝。初八日会审，不召任令，止严拷诸生。诸生以粮为言。叶尼等怒曰：“我方问谋反尔乃以粜粮对耶？!”命役将前五人二夹杖三十，后六人一夹杖三十。诸生哀号，痛楚欲绝。越数日，严檄唤在籍吏部员外郎顾予咸及哭庙之生员薛尔张、姚刚、王仲儒、唐尧治、冯郅、杨世俊，又富室朱嘉遇，并其子府庠生朱真等赴宁。予咸因王纪过访，谈次谓任令似不可使任牧民，嘉遇父子则因倪用宾等羁管府治时，会饷以酒食，俱为国治所闻，故及於祸。予咸等至宁，提审之日，国治嘱叶尼等夹讯尔张，问予咸知情否？夹至四五次，尔张终不供招。叶尼等改讯予咸，予咸抗辩无罪。乃罢审，一并拘系。故光禄寺二十七日捕拘丁澜、金人瑞到案，各予两人夹杖三十。人瑞口呼先帝。叶尼等怒，掌二十，下之狱。人瑞于狱中上书数千言，多所指斥。后又作家书曰：“杀头至痛也，籍没至惨也，而圣叹以无意得之，不亦异乎!若朝廷有赦令，或可相见，不然死矣。”叶尼等旋商诸国治，具疏会奏。略言：“臣等会审，看得秀才倪用宾等，平时不告知县任维初；当遗诏方到，辄纠聚群党，于举哀公所要打知县，跪进匿名揭帖，鸣钟击鼓，招呼数千人，摇动人心倡乱，殊于国法。查律无正条，所犯事关系重大，应将倪用宾、沈琅、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、薛尔张、姚刚、丁澜、金人瑞、王仲儒、唐尧冶、冯郅，不分首从，立决处斩，妻子奴仆家资财物当地入官。员外郎顾予咸，主使写揭帖，使倪用宾等讦告倡乱，应立决，妻子奴仆家资财物入官。杨世俊杖四十，流三千里。朱贞杖三十，黜庠。书辩吴行之，是倪用宾等逼勒谎供，所有揭内婪赃一款，审系子虚，应杖三十，革役。任维初既无过犯，应免议。”此案由国治主稿，故口供皆非实据，而文致其词。维初旋于五月朔复任。二十日奉密旨：“倪用宾、沈琅、顾伟业、王仲儒、薛尔张、姚刚、丁澜、金人瑞俱著处斩，妻子家产籍没入官。张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶琪、唐尧治、冯郅，俱着处斩，免籍没。顾予咸免绞，免籍没，并免革职，余依议。”此案本奉有至秋用刑之谕，是年七月十三日未时立秋。而国治杀人念炽，此日辰时即于狱提出罪犯，口塞栗木，立秋前一时，遂将倪用宾等十八人斩决于江宁之三山街。是月任维初奉旨革职。明年国治罢去。韩世琦继任，以别案亦斩维初于三山街云。
钱粮奏销案 顺治十八年辛丑正月，世祖崩。圣祖即位。二十九日，谕吏部、户部：“钱粮系军国急需，经管大小各官，须加意督催，按期完解，乃为称职。近览奉奏，见直隶各省钱粮，拖欠甚多，完解甚少，或系前官积逋，贻累后官，或系官役侵挪，借口民欠。向来拖欠钱粮，有司则参罚停升，知府以上虽有拖欠钱粮未完，仍得升转。以致上官不肯尽力督催，有司怠于征比，枝梧推诿，完解愆期。今后经管钱粮各官，不论大小，凡有拖欠参罚，俱一体停其升转。必待钱粮完解无欠，方许题请开复升转。尔等即会同各部寺酌立年限，勒令完解；如限内拖欠钱粮不完，或应革职，或应降级处分，确议具奏；如将未完钱粮之官升转者，拖欠官并该部俱治以作弊之罪。”同日又谕吏部、兵部：“嗣后官员因事降级仍留任者，三年无过，准予题请开复；至于拖欠钱粮能作速完解者，即准题请开复。”三月，定各省巡抚以下、州县以上征催钱粮未完分数处分例。以上各谕旨及处分例，原非专为江南而发。但江南田赋，百倍他省，而苏、松、常、镇为尤甚。故自新令颁行后，江南被祸最酷：苏、松、常、镇四郡官绅士子因奏销案而黜革者，多至一万三千五百余人。久之而案始结。