九年，拜援为太中大夫，副来歙监诸将平凉州。自王莽末，西羌寇边，遂入居塞内，金城属县多为虏有。来歙奏言陇西侵残，非马援莫能定。十一年夏，玺书拜援陇西太守。援乃发步骑三千人，击破先零羌于临洮，斩首数百级，获马牛羊万余头。守塞诸羌八千余人诣援降。诸种有数万，屯聚寇钞，拒浩亹隘。浩亹音告门，县名，属金城郡。浩，水名也。亹者，水流峡山闲，两岸深若门也。《诗》曰“凫鹥在亹”，亦其义也。今俗呼此水为合门河，盖疾言之耳。援与扬武将军马成击之。羌因将其妻子辎重移阻于允吾谷，允吾音铅牙。援乃潜行闲道，掩赴其营。羌大惊坏，复远徙唐翼谷中，援复追讨之。羌引精兵聚北山上，援陈军向山，而分遣数百骑绕袭其后，乘夜放火，击鼓叫噪，虏遂大溃，凡斩首千余级。援以兵少，不得穷追，收其谷粮畜产而还。援中矢贯胫，帝以玺书劳之，赐牛羊数千头，援尽班诸宾客。
是时，朝臣以金城破羌之西，破羌，县名，属金城郡，故城在今鄯州湟水县西。涂远多寇，议欲弃之。援上言，破羌以西城多完牢，易可依固；其田土肥壤，无块曰壤。灌溉流通。如令羌在湟中，湟，水名。据《前书》，出金城临羌县，东至允吾入河，今鄯州湟水县取其名也。一名乐都水。则为害不休，不可弃也。帝然之，于是诏武威太守，《东观记》曰梁统也。令悉还金城客民。金城客人在武威者。归者三千余口，使各反旧邑。援奏为置长吏，缮城郭，起坞候，《字林》曰：“坞，小障也，一曰小城。字或作‘岛’，音一古反。”开导水田，劝以耕牧，郡中乐业。又遣羌豪杨封譬说塞外羌，皆来和亲。又武都氐人背公孙述来降者，援皆上复其侯王君长，赐印绶，帝悉从之。乃罢马成军。
十三年，武都参狼羌与塞外诸种为寇，杀长吏。援将四千余人击之，至氐道县，氐道县属陇西郡。县管蛮夷曰道。羌在山上，援军据便地，夺其水草，不与战，羌遂穷困，豪帅数十万户亡出塞，诸种万余人悉降，于是陇右清静。
援务开恩信，宽以待下，任吏以职，但总大体而已。宾客故人，日满其门。诸曹时白外事，援辄曰：“此丞、掾之任，何足相烦。《续汉志》曰：“郡当边戍，丞为长史。”又：“置诸曹掾史。”颇哀《老子》，使得遨游。若大姓侵小民，黠羌欲旅距，此乃太守事耳。”旅距，不从之貌。傍县尝有报仇者，吏民惊言羌反，百姓奔入城郭。狄道长诣门，狄道，县，属陇西郡，今兰州县也。请闭城发兵。援时与宾客饮，大笑曰：“烧虏何敢复犯我。烧虏即烧羌也。晓狄道长归守寺舍，晓，喻也。寺舍，官舍也。良怖急者，可床下伏。”良，甚也。后稍定，郡中服之。视事六年，征入为虎贲中郎将。
初，援在陇西上书，言宜如旧铸五铢钱。事下三府，三府奏以为未可许，事遂寝。及援还，从公府求得前奏，难十余条，乃随牒解释，《东观记》曰“凡十三难，援一一解之，条奏其状”也。更具表言。帝从之，天下赖其便。援自还京师，数被进见。为人明须发，眉目如画。《东观记》曰：“援长七尺五寸，色理发肤眉目容貌如画。”闲于进对，尤善述前世行事。每言及三辅长者，下至闾里少年，皆可观听。自皇太子、诸王侍闻者，莫不属耳忘倦。又善兵策，帝常言“伏波论兵，与我意合”，每有所谋，未尝不用。
初，卷人维汜，卷，县名，属河南郡，故城在今郑州原武县西北也。訞言称神，有弟子数百人，坐伏诛。后其弟子李广等宣言汜神化不死，以诳惑百姓。十七年，遂共聚会徒党，攻没晥城，晥，县名，属庐江郡，今舒州懹宁县。晥音下板反，又下管反。杀晥侯刘闵，自称“南岳大师”。遣谒者张宗将兵数千人讨之，复为广所败。于是使援发诸郡兵，合万余人，击破广等，斩之。
又交址女子征侧及女弟征贰反，征侧者，麊泠县雒将之女也，嫁为朱鸢人诗索妻，甚雄勇。交址太守苏定以法绳之，侧怨怒，故反。攻没其郡，九真、日南、合浦蛮夷皆应之，寇略岭外六十余城，侧自立为王。于是玺书拜援伏波将军，《东观记》曰：“援上书：‘臣所假伏波将军印，书“伏”字，“犬”外向。城皋令印，“皋”字为“白”下“羊”；丞印“四”下“羊”；尉印“白”下“人”，“人”下“羊”。即一县长吏，印文不同，恐天下不正者多。符印所以为信也，所宜齐同。’荐晓古文字者，事下大司空正郡国印章。奏可。”以扶乐侯刘隆为副，扶乐，县名，属九真郡。督楼船将军段志等南击交址。军至合浦而志病卒，诏援并将其兵。遂缘海而进，随山刊道千余里。刊，除也。十八年春，军至浪泊上，与贼战，破之，斩首数千级，降者万余人。援追征侧等至禁溪，数败之，贼遂散走。明年正月，斩征侧、征贰，传首洛阳。《越志》云：“征侧兵起，都麊泠县。及马援讨之，奔入金溪究中，二年乃得之。”封援为新息侯，食邑三千户。援乃击牛酾酒，劳飨军士。酾犹滤也。《诗》曰：“酾酒有藇。”毛苌注云：“以筐曰酾。”酾音所宜反。从容谓官属曰：“吾从弟少游常哀吾慷慨多大志，曰：‘士生一世，但取衣食裁足，乘下泽车，《周礼》曰“车人为车，行泽者欲短毂，行山者欲长毂，短毂则利，长毂则安”也。御款段马，款犹缓也，言形段迟缓也。为郡掾史，守坟墓，乡里称善人，斯可矣。致求盈余，但自苦耳。’当吾在浪泊、西里闲，虏未灭之时，下潦上雾，毒气重蒸，仰视飞鸢跕跕墯水中，鸢，鸱也。跕跕，墯貌也。跕音都牒、泰牒二反。卧念少游平生时语，何可得也！今赖士大夫之力，被蒙大恩，猥先诸君纡佩金紫，且喜且惭。”吏士皆伏称万岁。
援将楼船大小二千余艘，战士二万余人，进击九真贼征侧余党都羊等，自无功至居风，无功、居风，二县名，并属九真郡。居风，今爱州。斩获五千余人，峤南悉平。峤，岭峤也。《尔雅》曰：“山锐而高曰峤。”峤音渠庙反。《广州记》曰：“援到交址，立铜柱，为汉之极界也。”援奏言西于县户有三万二千，西于县属交址郡，故城在今交州龙编县东也。远界去庭千余里，庭，县庭也。请分为封溪、望海二县，许之。封溪、望海，县，并属交址郡。援所过辄为郡县治城郭，穿渠灌溉，以利其民。条奏越律与汉律驳者十余事，驳，乖舛也。与越人申明旧制以约束之，自后骆越奉行马将军故事。骆者，越别名。
二十年秋，振旅还京师，军吏经瘴疫死者十四五。赐援兵车一乘，朝见位次九卿。
援好骑，善别名马，于交址得骆越铜鼓，乃铸为马式，式，法也。裴氏《广州记》曰：“俚獠铸铜为鼓，鼓唯高大为贵，面阔丈余。初成，悬于庭，克晨置酒，招致同类，来者盈门。豪富子女以金银为大钗，执以叩鼓，叩竟，留遗主人也。”还上之。因表曰：“夫行天莫如龙，行地莫如马。《史记·平准书》曰：“以为在天莫如龙，在地莫如马。”马者甲兵之本，国之大用。安宁则以别尊卑之序，有变则以济远近之难。昔有骐骥，一日千里，伯乐见之，昭然不惑。伯乐，秦穆公时善相马者也。桓宽《盐铁论》曰：“骐骥负盐车，垂头于太行之坂，见伯乐则喷而长鸣。”近世有西河子舆，亦明相法。子舆传西河仪长孺，长孺传茂陵丁君都，君都传成纪杨子阿，臣援尝师事子阿，受相马骨法。考之于行事，辄有验效。臣愚以为传闻不如亲见，视景不如察形。今欲形之于生马，则骨法难备具，又不可传之于后。孝武皇帝时，善相马者东门京东门，姓也；京，名也。铸作铜马法献之，有诏立马于鲁班门外，则更名鲁班门曰金马门。臣谨依仪氏之，中帛氏口齿，谢氏唇鬐，丁氏身中，备此数家骨相以为法。”援《铜马相法》曰：“水火欲分明。水火在鼻两孔闲也。上唇欲急而方，口中欲红而有光，此马千里。颔下欲深，下唇欲缓。牙欲前向。牙去齿一寸，则四百里；牙剑锋，则千里。目欲满而泽。腹欲充，欲小，季助欲长，悬薄欲厚而缓。悬薄，股也。腹下欲平满，汗沟欲深而长，膝本欲起，肘腋欲开，膝欲方，蹄欲厚三寸，坚如石。”?音居奇反。马高三尺五寸，围四尺五寸。有诏置于宣德殿下，以为名马式焉。