道家学说中的疾病机理分为本因、内因、外因三大类，前面我们探讨了本因，全息因果律。现在继续探讨疾病的内因机理。疾病的内因机理，为了适应修真学的整体性特点，我们从物源性、质源性、玄源性三个方面进行研究和探讨，以利于学习研究和不断充实丰富完善这一理论系统。
现代中医学按照道家的阴阳学说作了较为全面的阐述，只是有一部分内容，特别是玄源范畴的疾病机理，已经少见这方面的阐述和说明。在传统的中医学典藉中，玄源病因是有大量阐述的，这一因素也是病因机理的一个重要的组成部分。不加以研究和探讨，在传统中医学中就缺乏其本来的完整性和体系性。我们在研究疾病的内因和外因时将运用现代科学理论对玄源病因作出探讨。
病机
病机，即疾病发生、发展与变化的机理。疾病的发生、发展与变化，与患病机体的体质强弱和致病邪气的性质密切相关。病邪作用于人体，机体的正气必然奋起抗邪，而形成正邪相争，这种相争的过程破坏了人体内阴阳的相对平衡，或者使脏腑、经络的功能失调，或者使气血功能紊乱，或者使人体全息信息阴阳制约失衡，从而产生全身或局部的多种多样的病理变化。因此，尽管疾病的种类繁多，临床征象错综复杂，千变万化，各个疾病、各个症状都有其各自的病机，但从总体来说，总离不开邪正盛衰、阴阳失调、气血失常、经络和脏腑功能紊乱等病机变化的一般规律。
疾病的概念
疾病与健康是一对阴阳，这两者之间是相对而言。当人体生理组织的脏腑、经络的生理活动正常，隐显各类物质和全息信息都相对稳定，气血阴阳协调平衡，处在“阴平阳秘”的动态平衡中时就是健康。当人体在某种隐态或者显态致病因素的作用下，人体的脏腑、经络等生理活动异常，隐显物质和全息信息平衡制约被破坏，气血的阴阳平衡协调关系受到干扰，而导致“阴阳失调”，出现了各种临床症状，就称之为发生了疾病。
疾病的发生和变化
疾病的发生和变化，原因常常是错综复杂的，但是如果运用阴阳理论为纲进行分析，不外乎是人体小宇宙本身的正气和邪气两个方面动态变化过程。正气，是指人体的整体的和全息的机能活动包括全息信息、脏腑、经络、气血等功能和抗病、恢复阴阳平衡的能力，简称为“正”。至于邪气，是泛指各种显态和隐态的致病因素，简称为“邪”。疾病的发生和变化，都是在一定的客观条件和因素下邪、正在内外环境中斗争的反映。
如果运用道家一气含三学说进行探讨，分析疾病的内外成因因素，都不离人体内环境和外环境中的物源、质源、玄源这三大范畴，以及这三大范畴中各自阴阳不同属性的非正常性生理变化。
一、玄源致病内因